ბაზაზე, სადაც ამჟამად საჩხერის სამთო მომზადების სკოლა მდებარეობს, 1991 წლის 1 ივლისს მე-16 სამთო ბატალიონი დაარსდა. მის დაარსებას საფუძველი საქართველოს ეროვნულმა გმირმა ბესიკ ქუთათელაძემ ჩაუყარა. საქართველოს თავდაცვის მინისტრის, 2014 წლის 29 მაისის #738 ბრძანების საფუძველზე, სკოლას პოლკოვნიკ ბესიკ ქუთათელაძის სახელობის საჩხერის სამთო მომზადების სკოლის სახელი მიენიჭა.

საქართველოსა და საფრანგეთს შორის დადებული ორმხრივი ხელშეკრულების მიხედვით, საფრანგეთის სამთო მომზადების ცენტრის მოთხოვნების შესაბამისად, სკოლაში სასწავლო კურსების პროგრამები შემუშავდა. 2010 წელს ჩრდილოატლანტიკურმა საბჭომ მიიღო დეკლარაცია, რომლის თანახმად საჩხერის სამთო მომზადების სკოლას ნატო/პარტნიორობა მშვიდობისთვის მომზადების და განათლების ცენტრის სტატუსი მიენიჭა. ამჟამად საჩხერის სამთო მომზადების სკოლა მსმენელებს სთავაზობს საერთაშორისო კურსების ფართო სპექტრს, რომელიც შექმნილია ნატო-ს წევრი და პარტნიორი ქვეყნების სამხედრო მოსამსახურეებისთვის "პარტნიორობა მშვიდობისათვის" პროგრამის ფარგლებში.

სკოლაში სამთო მომზადების ზამთრის და ზაფხულის საბაზისო და შუალედური კურსები ტარდება. 2015 წელს კი სასწავლო პროგრამას ზაფხულის სამთო მომზადების ჯგუფის უფროსის კურსი დაემატა. გარდა ამისა, სკოლაში მიმდინარეობს კურსები საქართველოს შეიარაღებული ძალების ქვედანაყოფებისთვის: სამთო ტექნიკური კურსი, სამთო სამაშველო კურსი, მაღალ მთაში სროლის კურსი და სამთო ტაქტიკური კურსი.